Su Ürünleri Fakültesinin temel misyonu, bölgesel ve ulusal su ürünleri kaynaklarının sürdürülebilir kullanımını sağlayacak teknik işgücünün yetiştirilmesine yönelik “eğitim” vermek, bölgesel, ulusal ve uluslararası düzeyde disiplinler arası “araştırma” yapmak,  bölgesel ve ulusal düzeyde topluma ve ilgili kesimlere “hizmet” sunmak, Lisans ve lisansüstü eğitim – öğretimle kamu kurumlarının ve özel sektörlerin gereksinim duyduğu eğitilmiş vasıflı iş gücünü sağlamak, aynı zamanda lisansüstü eğitimle alanında uzmanlaşmış elamanları yetiştirerek akademik kadroyu güçlendirmek, yapılan araştırmalar neticesinde elde edilen sonuçları ve yenilikleri uygulamaya aktarmaktır.

Akademik personelin, öğrencilerin, mezunların ve paydaşların beklentilerini karşılayacak Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Su Ürünleri Fakültesi vizyonu:

• Ulusal ve uluslararası düzeyde tanınan;
• Çağın gereklerine uygun öğrenci yetiştiren;
• Araştırma – geliştirme ağırlıklı;
• Kendisini sürekli yenileyen;
• Kaynak yaratabilen;
• Paydaşları ile etkili iletişim ve işbirliği kurabilen bir Fakülte düzeyine ulaşmaktır.